我的校花妹妹3讲述了宇宙世纪0079年，夏亚·阿兹纳布尔作为赤色彗星的领袖，以其出色的机动战斗技巧和强大的意志力，与地球联邦军展开了惊心动魄的战斗。女孩是一个温柔善良的灵魂，男孩则是一个叛逆孤独的灵魂。随着故事的发展，李凡逐渐揭开了一个关于世界秘密的大阴谋，而他也将成为改变命运的关键人物。